Si, el contacto directo entre los fungicidas/insecticidas aplicados a la semilla de soya antes de la siembre junto con el inoculante provocan daño en el rhizobio. Para reducir el efecto negativo, se debe sembrar lo más rápido posible. Los coloides del suelo protegen al rhizobio. También se puede usar un protector de semilla para reducir el daño a la bacteria.